Братство Макуты - это организация нескольких могущественных существ, называющихся "Maкутa". Лидером их de facto является Теридакс, Макута Метру Нуи. Братство было создано примерно в то же время, что и Орден Мата Нуи, и его первоначальной целью было создание Рахи, которые должны были населить мир Маторанов. Позже, их цель была изменена на другую: защищать мир, и следить, чтобы все в нем шло «как надо», но примерно за два столетия до того, как Мата Нуи погрузился в сон, Братство повернулось ко злу и поставило своей целью порабощение Маторанов. Известно, что Братство создало Крааты, которые, имея доступ к Энергетическому Протодрмису, превращались в Ракши. Известно также, что Макуты со временем эволюционировали.

Сведения об их активных действиях крайне ограничены, но известно, что сделали они для Бионикловского мира очень много. Члены Братства занимались также экспериментами по мутациям, используя как силу энергетического Протодермиса, так и спиннеры Ротука Рудаки.
Члены Братства

Макута Метру Нуи, или Теридакс, нынешний лидер Братства.
Икаракс, Макута Карзахни.
Вампрах
Антроз
Чирокс (Кирокс)
Мьютран (Мутран), Макута центральной части Южного Материка.
Битил
Гораст, Макута полуострова Трен Кром
Крика
Макута, против которого использовал свою силу Темный Охотник "Иллюзионист"; Иллюзионист после этого впал в коматозное состояние, а как это воздействовало на члена Братства - неизвестно.
Бывшие члены Братства
Мизерикс, первый лидер Братства. Свергнут Теридаксом и приговорен к смерти; вместо этого тайно заточен на одном из островов.
Спириа, Макута с острова Заказ.
Коджол, Макута Артакхи, убитый Орденом Мата Нуи.
Служители Братства Макуты
Рудака – работала как на Братство, так и на Темных Охотников.
Экзо-Тоа – в настоящее время большинство разрушено, но некоторые еще функционируют.
Крааты. Каждый член Братства может извлечь из своего тела змеевидную Краату.
Ракши. Любая Краата может быть трансформирована в броню Ракши.
Исчезающий – Темный Охотник, также работающий на Братство и обладающий способностью открывать пространственные врата.
Теневые Тоа – Призрачная часть Тоа, получившая физическую форму и способная отражать атаку своего оригинала. При этом другие Тоа легко могут их поразить. На данное время встречались лишь двойники Тоа Мата (Олда).
Орды Висораков – ими управляли король Сидорак и его наместница Рудака (а также добрый Тоа Хордика Вакама). Висораки служили Братству Макуты главной военной силой. Но когда Вакама отдал приказ на освобождение, Висораки с радостью разошлись, тем более что Рудака предала их короля.  Крепость Братства Макуты.

Бывшие служители
Ищущий – тот, кто был стражем Канохи Авоки, но провалил задание. После этого был изгнан Братством и присоединился к Темным Охотникам.
Брутака – присоединился к Братству как лейтенант его армии. Позже перешел в Орден Мата Нуи.
Сидорак – бывший король орд Висораков, ныне убитый Китонгу в Метру Нуи.
Придак - когда-то управлял маленьким островом от имени Братства, но пошел дальше и стал одним из шести полководцев Барраки, возглавив Лигу Шести Королевств. Именно он первым из Барраков попытался свергнуть Мата Нуи, и именно он подал Maкуте идею попробовать сделать это самому.
Морбузак - растение, созданное Макутой Метру Нуи, чтобы переносить Маторанов в центр Метру Нуи. Королевский Корень находился в Великой Плавильне, так как Морбузак ненавидел холод. Уничтожен Тоа Метру.
Карзахни - первая попытка Макуты создать разумное растение. Но Карзахни оказался настолько могущественным, что Макуте пришлось довольствоваться Морбузаком. Это не понравилось Карзахни, и он затаил зло на своего создателя. Вначале, его убило заряженным протодермисом, но позже он вырос снова, попав в море. Окончательно Карзахни уничтожил Макута, изолировав его от тепла и света.
Краата-кал - это Краата, заряженная той же самой энергией, что превратила Бороков в Бороков-кал. Краата-кал - полноправный член сообщества Темных Охотников. Он контролирует стихии огня, воды и тени.
Подчиняющийся - экспериментальный Рахи, получивший разум без участия своих создателей. Чуть раньше, чем его передали в услужение Темным Охотникам, он сбежал во время восстания Тоа Хага.
Рахи Нуи. Существо, подобно монстру Франкенштейна, собрано из деталей многих Рахи. Тысячу лет назад, Тоа Метру выступили против него и победили. Они увеличили его до невероятных размеров, так, что детали не выдержали, и он распался, предварительно серьезно поранив Тоа Нокаму. Гораздо позже, Рахи Нуи был восстановлен Макутой, и сражался на этот раз с Тоа Нува. Закончилось все как в случае с Минотавром: рога Рахи Нуи застряли в стене.
Вопорак. Сидорак сильно поднял расположение Братства к себе, предав предводителя своего клана на острове. Этот предводитель был захвачен и трансформирован в могучего Вопорака к дню создания Канохи Вахи, маски Времени. Вопорак способен ощущать временные аномалии там где они проявляются и таким образом обнаружить местонахождение Вахи. Когда Вакама использовал Вахи, Вопорак нашел её и отдал лидеру Темных Охотников, Затененному. Вопорак до сих пор служит Охотникам. Вместе с Охотником «Древним» они снова украли Вахи, после того как Тоа Таху воспользовался ей.